日本語環境でも問題なく動くようです。 (→ Best Practices Analyzer for WSS 3.0 and MOSS 2007)
ということで、試しに日本語環境で動かしてみました。
実行するには、ダウンロードページの Instructions にある通りですが、具体的には以下のように指定します。
> sharepointbpa.exe -cmd analyze -substitutions SERVER_NAME サーバー名
サーバー名には、サーバーの全体管理が存在しているサーバーを指定する必要があるようです。
実行すると、こちらのようなレポートを出力してくれます。

未構成の機能や、セキュリティ上の懸念 (アプリケーション・プールのアカウント)、サーバーの全体管理の複数サーバー構成などを指摘してくれていました。
まぁ、とりあえず一度実行して、構成状況を確認するという意味では使えるという感じでしょうか。